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本发明公开了涉及通信领域，特别涉及一种热补丁文件处理方法及通信终端，用以解决现有技术中安装热补丁的应用程序在终端操作系统升级后首次启动效率较低的问题。本发明实施例在OTA升级完成后，终端开机过程中确定包含热补丁文件的目标应用程序，将目标应用程序的热补丁文件转移至系统的备份存储区域；在应用程序启动完成后，将应用程序的热补丁文件恢复至应用程序的热补丁目录对应的存储区域；执行优化命令对应用程序的热补丁文件优化。本发明实施例提供的热补丁文件处理方法，可以在终端操作系统升级后首次启动目标应用程序时，使目标应用程序检测不到热补丁文件，不触发热补丁文件的优化，提高应用程序在终端操作系统升级后首次启动的效率。