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本发明提供了一种基于多维度指数法的食物分类方法及系统，其包括：S1、建立食物分类目录，给定参照食物组并设定累积营养成分贡献率的目标值，建立膳食调查数据库；S2、获取食物编码以及调查摄入量；S3、得到调查摄入总量；S4、形成n个数据组；S5、将n个数据组内各个食物纳入待确定的跨类参照食物组；S6、完成跨类参照食物组的建立；S7、获得多个分类参照食物组；S8、获取综合营养成分密度指数；S9、获取跨类参照食物组以及分类参照食物组的组内评价结果；S10、选定待评价食物并将其插入上述跨类参照食物组以及分类参照食物组，获取组外评价结果并对食物进行分类。本发明能够适用于现有的绝大部分综合评价方法且对综合评价方法的容错能力高。