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本发明公开了一种餐厨垃圾处理的固定化微生物菌剂的制备方法及应用，该方法包括：分别对克鲁维毕赤酵母和林生地霉进行高密度液体发酵，再将菌液按比例混合；将复合菌液浓缩后，加入至改性后的载体中，进行混合，并在混合过程中加入交联剂，然后进行恒温通气培养；恒温通气培养后，进行低温干燥，得到固定化微生物菌剂。本发明方法不仅显著提高了载体固定的菌体量，还使载体与菌体之间的结合紧密，防止菌体在制备过程和保藏中的活菌大量损失，提高了单位质量菌剂的活菌数，减少了菌剂的使用量；制备获得的解餐厨垃圾能力强、能够消除降解餐厨垃圾过程中产生的异味，而且载体中固定的菌体量大，载体与菌体之间的结合更紧密，活菌生物量大。