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本发明提供了一种的靶向激活土著产脲酶菌固化尾矿砂的方法，属于岩土工程技术领域。该方法包括初始生物刺激溶液的调配、生物刺激溶液的优化、胶结液的制作、溶液及胶结液的浇灌等步骤。其中生物刺激溶液的优化中设计了适用于尾矿库环境的生物刺激溶液来筛选富集尾矿砂中的产脲酶菌，并基于Plackett‑Burman设计和Central Composite Design试验设计探究生物刺激溶液组分的最佳浓度配比，得到适用于尾矿砂的最优生物刺激溶液配方，筛选富集土著微生物中的产脲酶菌固化尾矿砂。该方法不需要特定的摇床环境培养细菌，避免了细菌培养和运输过程，且生物刺激溶液的各组分价格低廉，大幅减低了尾矿砂固化成本。