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本发明公开一种以黄连提取母液为原料制备高纯度木兰花碱的方法、由其制备的高纯度木兰花碱及应用，包括母液的制备、萃取和柱层析。与现有技术相比，本发明提供的以黄连提取母液为原料制备高纯度木兰花碱的方法、由其制备的高纯度木兰花碱及应用，工艺流程简单易行，提取效率高，以提取黄连总生物碱后的母液为原料，属于废物综合利用，降低了产品成本，采用连续两次硅胶柱色谱纯化，极大提高木兰花碱的分离效率，制备得到的木兰花碱纯度可达到90％以上，应用前景广；并且发现木兰花碱对人角质形成细胞HaCaT凋亡和足癣致病真菌的抑制活性，木兰花碱在浓度大于500ppm呈现出抑制HaCaT细胞凋亡的趋势，抑制红色毛癣菌和须癣毛癣菌的MIC均为62.5μg/mL，在湿疹和脚气治疗上具有应用前景。