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本发明涉及一种结构光三维扫描系统的温漂补偿方法及系统。所述方法包括：在恒定环境温度下对三维扫描系统进行标定得到系统标定参数，在仿真系统中建立三维扫描系统模型，在不同环境温度下模拟三维扫描系统热变形并记录虚拟测量数据，计算对应的温漂补偿系数，并根据温漂补偿系数建立温漂补偿模型应用在三维扫描系统中，在三维扫描系统运行时进行温漂补偿。通过在仿真系统中建立三维扫描系统模型，模拟热变形，建立温漂补偿模型，在实际运用三维扫描系统的时候，可在不同温度环境下进行温漂补偿，无需对三维扫描系统的硬件结构进行改动，也无需实际的变温装置采集热变形数据，可提高3D结构光扫描仪在不同温度下的测量精度和稳定性。