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本发明提供一种基于Python语言的基因变异检测方法及系统，方法包括：S1：确定Query蛋白序列及多个物种的基因组序列信息；S2：Blast比对分析后整合，得到每个Query蛋白序列的比对区域信息；S3：创建并初始化列表与集合，依次比对Query蛋白序列与集合，将所有Query蛋白序列全部写入列表中获得每个Query蛋白序列的最佳比对结果信息；S4：去除Query蛋白序列中没有比对到的序列，得更新Query蛋白序列；S5：将更新的Query蛋白序列与下一物种的序列比对库比对，并循环步骤S2‑S4，直到获得Query蛋白序列的每个物种的最佳比对结果信息；S6：设置抽取长度基数，结果抽取Query蛋白序列在不同物种的每个外显子的数目信息和变异情况并记录。该方法能缩短比对时间，提高有效比对速率，完成基因检测。