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本发明公开了一种优化的辣椒抗菌肽提取纯化方法，具体地，发明人通过研究不同浸提液、料液比、浸提时间、硫酸铵饱和度对辣椒籽抗菌肽提取的影响，获得了辣椒抗菌肽提取的最佳条件，进一步地，通过超滤粗分离后选择抑菌效果好的组分过葡聚糖凝胶柱层析获得了电泳纯抗菌肽样品。本发明公开的提取纯化方法简单，提取的抗菌肽的抑菌效果比优化前提高了50.32%，且具有较广的抑菌谱，尤其对黄曲霉有较强的抑制作用，能有效抑制黄曲霉孢子萌发和菌丝体生长，并能抑制黄曲霉对培养基中营养物质的吸收利用。利用本发明公开的方法提取的抗菌肽作为玉米防霉剂，能较好的维持玉米品质，延长使用期限，当与其他防霉剂配合使用时效果更佳。