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本发明公开了一种表面偶联光亲和链的功能化磁珠的制备方法，包括：羧基磁珠活化，活化后的羧基磁珠与光亲和连接链孵育得到光亲和连接链负载的羧基磁珠，将光亲和连接链负载的羧基磁珠表面用封闭液进行封闭得到功能化羧基磁珠；光亲和连接链以三氟甲基苯基双吖丙啶作为光敏基团，具有较好的化学稳定性，光解后产生的卡宾中间体能不可逆地与大部分小分子结合且相对稳定，大量不同种类的小分子无需构效关系(QSAR)研究数据和相应的化学修饰，可以直接共价对接到功能化羧基磁珠表面，可用于固定复杂体系的诸多不同结构的小分子，整个过程只需紫外照射即可实现小分子与功能化磁珠的偶联，快捷高效，操作简单，适用性更广泛。