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一种基于小波变换的心磁信号降噪方法，包括如下步骤：选择一个与含噪信号波形相似的小波函数，确定分解层数，进行小波变换得到低频系数和高频系数；对每层高频系数进行阈值处理，得到新的高频系数；利用第一层低频系数和新的高频系数进行小波重构，得到估计信号；选取与信号波形相似的其他小波函数，重复以上步骤；将降噪效果较好的信号数据相加求平均，作为干净的信号数据，对其添加不同大小的模拟噪声，分别用降噪效果较好的小波函数进行处理，求得相应的信噪比，比较得最优小波函数；选择最优小波函数，改变分解层数，对干净的信号添加不同大小的模拟噪声，求出信噪比，比较得最佳分解层数。由此得出最适合含噪心磁信号的小波阈值去噪参数。