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本发明公开了一种元素地球化学数据筛选的寻矿标定方法及系统，涉及矿产技术领域，其技术方案要点是：将目标区域划分成多个不同地形类型的地形区域；抽样采集地形区域中的目标对象元素测量数据；对目标对象元素测量数据拟合后得到与地形区域一一对应的拟合元素分布信息；将当前地形区域的拟合元素分布信息向相邻地形区域的预设范围区域外推插值处理后得到外推元素分布信息；依据两个目标对象元素分布信息于相邻地形区域中对应轮廓线轨迹处的分布情况进行平滑处理后构建目标区域的元素等值图；将元素等值图标定划分为确定矿区、待确定区域、确定非矿区。本发明能够得到误差较小、精确度高的标定信息，为矿产分布进一步研究提供的数据支撑。