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本发明公开了一种甘蓝型油菜最适全基因组选择体系的构建方法，涉及甘蓝型油菜品种选育以及分子育种技术领域。本发明基于甘蓝型油菜的10个性状，对其在不同全基因组选择模型、标记密度、群体大小和比例下，以及非加性效应、性状特异性SNP和有害突变的应用中的预测精度进行综合比较，确定了一种甘蓝型油菜最适的全基因组选择体系；此外，本发明建立了一种不受运算设备限制的有害突变数据库构建方法和一种甘蓝型油菜表型性状全基因组选择预测精度估计的方法，因此，本发明可为甘蓝型油菜最适全基因组选择体系的建立提供参考，同时可促进甘蓝型油菜全基因组选择的应用。

本发明公开了一种基于全基因组选择预测甘蓝型油菜杂种优势的方法，该方法包括：获取亲本材料，根据亲本材料配置若干杂种组合；确定各个亲本材料及其杂种组合的性状表型；进行基因型分型，得到基因型数据；基于所述性状表型和所述基因型数据，筛选出组间差异显著点位以及关联分析显著点位；基于所述性状表型、基因型数据、组间差异显著点位和关联分析显著点位，构建多个预测模型；基于组间差异显著点位，利用逐步回归方法进行多元性线性分析，得到多元逐步回归模型；基于交叉验证，评估多个预测模型以及所述多元逐步回归模型的预测准确性，确定对性状最优的模型。本发明构建简便有效的预测指标体系指导亲本选配以及对杂交组合预测。