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本发明涉及交通管理技术领域，揭露了一种养殖水域的船舶防碰撞预警方法及系统，所述方法包括：获取养殖区域内船舶的实时位置坐标集及航行方向向量集，结合波浪方向梯度与水草分布密度梯度生成动态环境阻力影响系数，根据动态环境阻力影响系数修正预期航行位移偏差，以得到目标航行路径，将目标航行路径与相邻船舶的航行行为特征参数进行时空冲突概率匹配，以得到碰撞风险等级，当碰撞风险等级超过预设阈值时，触发航向自适应调整指令并反馈至船舶的控制单元，根据控制单元的响应延迟时间动态更新目标航行路径，本发明可以解决现有船舶防碰撞预警技术在养殖水域复杂环境下存在的预测精度低、环境适应性差、系统响应滞后等问题。