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本发明公开了一种用于新药研发的自动配药系统，包括输液装置、管道转换器、电磁阀、进液管道、出液管道、控制模块、供电模块；管道转换器设置有若干进液口和一个出液口；输液装置一端通过管道转换器与进液管道连通，用于抽取进液管道中的液体，输液装置另一端与所述出液管道连通；电磁阀设置在所述管道转换器与进液管道之间，电磁阀单独控制每个进液管道进液口的开关；控制模块用于控制输液泵的运行和电磁阀的通断，通过控制模块设置电磁阀的通断和通断时间以调节各种原料液的配比。本发明解决了单一滴定配药研发过程中的周期长；配药瓶无法固定密封，成分控制不精确；国外设备价格昂贵、而且适用范围的受到限制的缺陷。