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本发明涉及水产养殖中性染色体分析技术领域，公开了一种乌苏里拟鲿Y染色体序列的获取方法，包括如下步骤：步骤一，构建种间杂交群体，步骤一中所述杂交群体由雄性乌苏里拟鲿和雌性圆尾拟鲿通过人工授精获得；步骤二，雄性杂交个体鉴定，步骤二中所述雄性杂交个体通过性腺特征观察和分子标记两种方法鉴定；步骤三，雄性杂交个体三代基因组测序与组装，步骤三中所述三代基因组测序与组装采用HiFi与Hi‑C技术实施；步骤四，与雌性基因组染色体比对获得Y染色体序列。本发明中乌苏里拟鲿Y染色体序列的获取方法，能大幅缩短现有技术条件下获得Y染色体序列所需时间，有效降低劳动强度、提高工作效率，有力促进乌苏里拟鲿性别控制育种进程。