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一种多域蛋白模板无缝比对方法，从各单域蛋白的三维结构出发，首先，对模板的两端加上允许长度的空白序列；然后，采用蛋白质模板比对工具TM‑align搜索第一个单域蛋白在模板上的最佳比对位置，并从最后一个比对位置后的模板中搜索第二个单域蛋白的最佳比对位置，如果两者比对部分之间的间隙大于最大允许值，则采用无缝滑动窗口的方法搜索第二个单域蛋白的最佳比对位置，当第二个单域蛋白的最佳比对位置确定后，继续采用同样的方法搜索其他单域蛋白的最佳比对位置；最后，以各单域蛋白的最佳比对位置为当前查询蛋白与目标之间的最佳比对，本发明提供一种比对精度较高、效率较高的多域蛋白模板无缝比对方法。