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本发明公开了一种微生物油脂的绿色提取分离方法及装置，属于微生物油脂的提取领域。本发明采用高压脉冲电场可以持续大批量的对菌液进行细胞破碎处理，处理时间短，还能够有效避免不饱和脂肪酸被氧化。此外采用脂肪酸基低共熔溶剂与乙醇溶剂进行共提取，选取亲水性强的乙醇溶剂带出胞内包裹在油脂外部的亲水物质，使油脂暴露出来，从而疏水脂肪酸基低共熔溶剂将胞内油脂较完全的带出。同时，脂肪酸基低共熔溶剂、乙醇和弱碱溶液将微生物油脂提取出来后可以循环利用，从而能够有效减少的成本、降低能耗。本发明还提供了一种微生物油脂提取分离装置，能够实现微生物油脂高效提取以及提取溶剂高效回收，从而缩短工艺流程，减少设备投入等问题。