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本发明公开了一种基于中空纤维液膜分离亚麻酸甲酯的方法和装置，所述的装置包括内部盛有原料液的原料相罐、膜束、输送泵和内部盛有剥离溶剂的剥离相罐；膜束的两端分别与原料相罐相对两侧壁上的集液腔道构件通接，膜束展开并浸没在原料相罐内的原料液中，膜束包括若干根尺寸相同且两端对齐的中空纤维液膜，中空纤维液膜是以Ag+作为载体的亲水性中空纤维膜；原料相罐的一侧壁上的集液腔道构件依次通过输送泵和剥离相罐，由管路通接至原料相罐相对的另一侧壁的集液腔道构件上。本发明在分离亚麻酸甲酯时，亚麻酸甲酯的萃取和反萃取作用同步进行，实现了亚麻酸甲酯的连续化分离提纯，亚麻酸甲酯的分离效率高。