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本发明公开了一种微型噬藻器、制备方法及其靶向根治蓝藻水华的方法，属于地表水污染修复/治理领域。微型噬藻器制备方法如下：将噬藻体、Fe(III)絮凝剂和生物表面活性剂混合后，调节体系pH值至中性，随后高速搅拌得到表面通过Fe(III)及其水解形态粘附噬菌体的微型噬藻器。向待处理地表水水面以下泵入微型噬藻器，产生藻渣后，通过刮渣、收集去除上浮至水面的藻渣，完成蓝藻水华的靶向根治。该方法能够高效富集、靶向杀灭、快速分离蓝藻及其残体，成功根除水华再爆发的可能；使用噬藻体和生物表面活性剂，减少了化学絮凝剂的用量小，避免了水体的二次污染，为去除水华蓝藻提供了一种可靠的方法。