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本发明公开了一种R‑2‑(4‑羟基苯氧基)丙酸(R‑HPPA)合成菌株的高通量筛选方法，所述方法按如下步骤进行：将待测菌株在含有底物R‑2‑苯氧基丙酸的发酵培养基中摇瓶培养，取发酵液离心，上清液作为待测样品。将待测样品与显色剂混合，静置反应，取反应液测OD420nm，根据R‑HPPA标准曲线获得待测样品中R‑HPPA含量，筛选获得R‑HPPA合成菌株。本发明方法反应时间为30min，R‑HPPA测定的范围为0.1‑1g/L，检测极限(LOD)和定量极限(LOQ)为0.011g/L和0.034g/L，回收率在95‑99％的范围内，高效、灵敏、可靠，极大的提高了微生物菌种的筛选效率，节约时间，减少人力与财力。