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本发明公开了一种基于ChemDraw的煤微观孔隙结构表征方法，涉及煤矿瓦斯地质技术领域，包括，通过多种技术获取煤微观孔隙结构数据，并进行预处理；对预处理后的煤微观孔隙结构数据进行分析，提取煤微观孔隙的关键信息；基于煤微观孔隙的关键信息，生成煤微观孔隙三维结构模型；通过物理模拟工具对煤微观孔隙三维结构模型进行模拟，获得煤微观孔隙结构物理模拟结果；微观孔隙结构物理模拟结果与煤微观孔隙结构数据对比，评估优化煤微观孔隙三维结构模型；利用ChemDraw的API接口，导入评估优化后的煤微观孔隙三维结构模型，进行二维和三维结构的自动化展示与导出。本发明提供了一种基于ChemDraw的煤微观孔隙结构表征方法，实现全面、准确、高效的孔隙结构分析与展示。