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本发明属于蛋白肽制备领域，涉及一种鲍鱼内脏蛋白肽的制备方法，包括：将鲍鱼内脏用饱和盐水进行预处理，将预处理鲍鱼内脏加入水后粉碎，加入由胰酶、胰凝乳蛋白酶、木瓜蛋白酶、羧肽酶与烷基硫醇按照质量比1:(0.1～0.2):(2～5):(0.5～1.5):(0.01～0.1)组成的复合酶Ⅰ进行第一次酶解，加入由木瓜蛋白酶、羧肽酶以及钠盐按照质量比1:(0.05～0.2):(0.01～0.1)组成的复合酶Ⅱ进行第二次酶解，往所得酶解液中加入絮凝剂进行含有海藻酸盐、明胶、卡拉胶和改性氢氧化铝的絮凝剂进行絮凝沉淀，固液分离即可。本发明提供的方法能够提高鲍鱼内脏蛋白肽的收率和纯度，极具工业应用前景。