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本发明公开了一种考虑碳排放的燃煤机组实时变动成本测算方法及系统，包括：获取燃煤机组和电厂内部运行数据，以及机组外部数据；建立实时综合标煤价格模型，将动力煤价格指数代入模型得到实时综合标煤价格；建立空载燃料成本模型，通过实时综合标煤价格代入模型计算得到空载燃料成本；建立边际燃料成本模型，通过实时综合标煤价格代入模型计算得到边际燃料成本；建立碳排放成本模型，通过机组内部和外部数据代入模型计算得到碳排放成本；将空载燃料成本、边际燃料成本、碳排放成本、外购动力费、材料费、水费以及变动税金相加求和，得到机组在该时段内的实时变动成本。本发明综合考虑了动力煤实时价格和机组碳排放，时效性强，计算结果更为准确。