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本发明公开了一种航道水下地形变化分析系统及方法，涉及航运技术领域，包括：沿着航道的延伸方向建立监测站点，进行监测后获取监测数据，并将获取到监测数据存储；沿着航道的长度方向及宽度方向，均设置若干个监测站点，对航道的水流数据及淤积数据进行测量，获取测量值；获取若干组水面系数Sm及水下系数Sx，获取相关系数R，并确定修正因子K；计算出下一个时刻该点的数据，对基于图像获取地形变化，进行修正，获取修正值，以修正值对下一时刻的地形数据进行表征；通过提高水下地形数据的稳定性，并且加入干扰子因素，在代入时间参数后，能够快速获取特定位置的值，汇总后获取整体性的航道水下地形，能够降低分析错误的风险。