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本发明公开了一种水电开发程度综合评价方法，根据指定区域内的流域划分情况，得到若干一级子流域；结合人类活动和自然生态条件对水文的截断影响，将一级子流域划分为若干二级子流域；确定各二级子流域的水电开发程度指标；对各二级子流域的水电开发程度指标做聚集性判断；对具有聚集性的水电开发程度指标做聚集性分布评价；基于聚集性判断或聚集性分布评价结果，评价水电开发程度。本发明提供一种水电开发程度综合评价方法，以克服现有技术中对于水电开发的评估局限性，实现在流域尺度下进行易操作且科学合理的综合性水电开发程度综合评价，进而为未来的开发方案制定提供更为科学的辅助信息和决策依据的目的。