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本发明公开了一种黄颡鱼生长性状相关的微卫星分子标记及其应用，属于分子标记遗传育种技术领域。所述微卫星片段的重复序列为(TTCTC)n，n的取值范围为6～13之间的任意整数；所述生长性状包括全长、体长、体重、体高、头长、尾柄长和尾柄高。本发明还提供一种扩增上述微卫星片段的引物对，所述引物对包括核苷酸序列如SEQ ID NO.17所示的上游引物和核苷酸序列如SEQ ID NO.18所示的下游引物。利用上述引物对扩增样本，能特异的扩增出微卫星片段，这些微卫星片段与黄颡鱼的生长性状密切相关，使用该引物对可以筛选具有更好生长潜力的黄颡鱼亲本，可为黄颡鱼的分子育种提供有效的分子标记。