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本发明涉及数据管理技术领域，揭露了一种渔业资源评估方法及系统，所述方法包括：提取目标流域的多源渔业数据与船舶轨迹集，处理后得到原始特征集；依据目标流域的空间分布将原始特征集分解为正交波形分量与波形系数；基于所述波形系数对所述正交波形分量的基向量进行线性叠加，得到数据覆盖密度场；对所述数据覆盖密度场中的密度值进行排序，划分出所述目标流域的密度值区间；根据所述密度值区间将、数据覆盖密度场中的场值对应为可靠度等级，得到空间可靠度分布图；将所述船舶轨迹集中的船舶行为特征映射至空间可靠度分布图，得到所述目标流域的评估序列；本发明可以提高渔业资源评估过程中多源数据整合与特征提取的效率。