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本发明公开了一种利用滤食生物除藻的方法，将含藻水依次流过串联的蓄水设施，蓄水设施依次投放桡足类、滤食性贝类‑滤食性鱼类、桡足类、滤食性贝类‑滤食性鱼类，当出现大量藻类时，向蓄水设施中投加微生物修复剂的步骤；所述微生物修复剂包含硝酸菌、亚硝酸菌、枯草芽孢杆菌、聚磷微生物和光合细菌。上述投放桡足类蓄水设施用网衣的网孔为0.5‑2mm，投放滤食性贝类‑滤食性鱼类蓄水设施用网衣的网孔为15‑60mm。本发明除藻的方法能降低水体中的浮游藻类及水体氮磷浓度，促进水底层的附着藻类的生长，利用桡足类、滤食性贝类和滤食性鱼类串联及食性差异达到除藻的目的，可最大限度地消除藻类，消化藻类的能力。