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本发明涉及海洋生物技术领域，尤其涉及一种利用南极磷虾壳制备氨基壳聚糖的方法。其方法包括以下步骤：1)对南极磷虾壳进行清洗、干燥、磨粉，得到粉料，对粉料进行脱钙处理，过滤除去滤液得到脱钙粉料；2)将脱钙粉料加入至酯液中浸渍分别得到浸出液和浸出料，对浸出料进行脱蛋白处理和活化处理，活化处理结束后过滤并清洗后得到活化粉料；3)将活化粉料加入至聚乙烯亚胺溶液中进行酰基化反应，过滤出酰基化粉料并与浸出液混合、干燥去除酯液得到复合粉料，将复合粉料加入至碱液中加热反应，反应结束后过滤并清洗和干燥，即可得氨基壳聚糖粉料。本发明方法能够对南极磷虾壳进行有效合理的利用；所制得的氨基壳聚糖粉料具有较高的载药率。