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本发明公开了一种基于根系发育参数的污染暴露下化学调控剂的筛选方法，先选取待筛选化学调控剂，并以作物幼苗根系发育特征参数为基础，对作物幼苗在待筛选化学调控剂以及污染条件下进行短期暴露实验，确定靶向目标；然后选取临界阈值分别对待筛选化学调控剂对作物幼苗根系的每项靶向目标的调节作用进行分类，得到临界阈值集；并确定各靶向目标的贡献度，得到靶标贡献度集；接着得出每项靶向目标的每类调节作用的分段函数；将每项靶向目标的每类调节作用的分段函数的计算结果组成单靶标不确定性矩阵；将靶标贡献度集与靶标不确定性矩阵相乘，并根据两者相乘的结果选取合适的化学调控剂。解决了现有化学调控剂筛选方法的效果不理想的问题。