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本发明公开了一种基于组织特异性网络的药物重定位方法，包括如下步骤：对癌症表达数据集样本以及药物扰动基因表达数据集的预处理；根据KEGG通路数据库，构建与直肠癌相关的组织特异性网络；通过组织特异性网络来计算药物相关基因对疾病相关基因的抑制得分值；根据抑制得分值，筛选出治疗直肠癌的最有可能的候选药物。本发明基于组织特异性网络的药物重定位方法，相对于经典方法具有高效预测能力。本发明提供的方法基于组织特异性网络的药物重定位，解决了疾病相关基因与药物相关基因重叠度不高、药物靶向关系不完善的问题。本发明基于比较抑制得分值进行药物效果预测和筛选，对于癌症的推荐药物具有广泛的适用性。