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本发明公开了一种摄动影响下的星间光通信信道建模方法及系统，方法具体步骤如下：步骤1、建立星间光通信系统模型，该模型包括两颗绕地球飞行的同轨道卫星，其中，地球被视为不规则球体，卫星之间采用激光通信；步骤2、分析所建立的系统模型中卫星间相对运动状态，包括分别对有无摄动因素影响下的相对运动模型进行分析，得出相对运动方程；步骤3、从有无摄动影响下相对运动方程中获得受摄动影响所产生的指向误差；步骤4、考虑空间等离子体引起的信号衰减，结合步骤3所推导的指向误差，建立摄动影响下的星间光通信信道模型。本发明可以为星间指向误差下光通信信道建模提供关键支撑，为进一步研究深空光通信提供参考依据。