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本发明公开一种斑重唇鱼线粒体基因组全序列扩增方法，具体步骤如下：（1）斑重唇鱼线粒体Cyt b、COI、ND4和16S rRNA四个基因片段的扩增；（2）斑重唇鱼线粒体基因组的LA‑PCR扩增。本发明扩增了斑重唇鱼线粒体Cyt b、COI、ND4和16S rRNA四个基因片段，根据获得序列设计了4对LA‑PCR引物进行大片段序列扩增，然后通过引物步移的方法，用28条测序引物对斑重唇鱼线粒体基因组其余部分进行PCR扩增从而获得斑重唇鱼长度为16895 bp的线粒体全基因组序列。从分子水平研究斑重唇鱼的遗传与进化，特别是以mtDNA作为分子标记，为斑重唇鱼物种鉴定、群体遗传结构和系统演化研究提供了基础资料和技术支持。