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本发明公开了一种光栅信号补偿方法及补偿系统，所述的补偿方法包括：采集光栅尺输出的光栅信号并进行数模转换成数字信号；根据数模转换精度制作查找表；以周期为单位，判断信号的幅值状态，获得幅值的极大值、极小值，以此求得信号的峰峰值；利用峰峰值、幅值的极小值对幅值进行补偿，以补偿后的幅值作为地址查询所述的查找表，输出细分脉冲。发明根据模数转换器输出的数值范围制成查找表，对衰减的正弦电信号的幅值进行自动补偿，使补偿之后的幅值适用于同一张查找表，根据补偿之后的幅值进行查表细分，省去了制作大量查找表的繁琐工作，提高了查找表细分的灵活性；从而解决了现有查找表方法灵活性差和存储资源消耗大的问题。