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本发明公开了基于调控胁迫植物基因表达的化学调控剂的筛选方法，选择待筛选化学调控剂，以对污染物敏感的胁迫植物基因表达为基础数据，测定植物幼苗的胁迫植物基因的表达量；构建调节反应类型集ai、调节水平集bj、局势集Si,j、调控效果集G；基于G与bj得到待筛选化学调控剂的测度算式rbj(gi)；基于测度算式rbj(gi)与局势集Si,j的比值，共同构成化学调控剂对胁迫植物基因表达调控效力的预测矩阵D(Σ)，筛选出对污染物具有优化调控效力的化学调控剂。本发明基于调控胁迫植物基因表达的化学调控剂的筛选方法模型计算耦合qRT‑PCR快速筛选基因的靶向调控剂，克服了传统技术的强主观性选择性。