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本发明公开一种自动控温的铁皮石斛内生真菌设备，它包括主体控温结构和补光结构；其中主体控温结构包括承载箱，所述承载箱的内部固定安装有内层隔离箱，所述承载箱的外部固定安装有调温盒，所述承载箱的外部固定安装有加热管，所述承载箱的外部固定安装有水箱，可以通过启动加热管和热风机，同时对承载箱的内部进行快速升温，同时通过启动微型水泵将水箱中的水流输送到蛇形管的内部，并通过配合冷风机快速对承载箱的内部进行降温处理，使得承载箱的内部可以进行快速的升温和降温处理，避免调整温差时间过长导致菌种生长受到影响，且使用者通过启动日光灯配合反光镜可以对内层隔离箱的内部进行补光处理，便于菌种的生长。