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本申请提供一种益生菌菌种存储装置，包括冷藏箱、储液箱、多个液位计和控制器，冷藏箱内设有多个隔板以形成多个放置空间，每个放置空间内均放置有培养皿，储液箱设置于冷藏箱的上方，储液箱设有主管道，主管道沿竖直方向延伸且伸入到每个放置空间内，主管道设有多个支管道，每个支管道上均设有电磁阀和喷头且喷头朝向培养皿喷淋，多个液位计一一对应设置于培养皿内，用于检测培养皿内的液位，电磁阀和液位计均与控制器电连接，当液位计检测到的液位低于第一液位时，控制电磁阀开启，当液位计检测到的液位高于第二液位时，控制电磁阀关闭，第一液位低于第二液位。本申请添加过程无需打开冷藏箱，温度波动小，保证菌种的存储效果。