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本发明公开了一种复合净水菌剂胶囊的制备方法，具体包括以下步骤：将Fe（NO3)3、凹土和水混合搅拌后静置，制备Fe3+改性凹土；将Fe3+改性凹土与未改性的凹土混合，加水搅拌，配制成凹土絮体悬浊液；培养短小芽孢杆菌、蜡样芽孢杆菌的浓缩菌液；制备短小芽孢杆菌和蜡样芽孢杆菌与凹土的絮体悬浊液；控制絮体悬浊液的含水率至40%~50%，得泥浆，在泥浆中加入海藻酸钠溶液，搅拌后得塑性泥料；将塑性泥料在模具中制备成球形颗粒，并对菌剂进行包埋、冻干，得到成品的复合净水菌剂胶囊。通过本发明方法制得的复合净水菌剂胶囊能够在水体中快速沉降，且能够在沉降处持续向水体释放高效净水细菌，改善水体的微生态菌相结构，发挥长效净水效应。