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本发明涉及微球处理技术领域，公开了一种多分散高分子微球的筛分方法，包括以下步骤：S1：把待筛分的多分散高分子微球乳液冷却离心，取下层微球乳液待用；S2：对S1中得到的下层微球乳液进行超声震荡；S3：先将超声震荡后的微球乳液注入细长塑管中，然后注入去离子水，再将塑管密封置于避光处静置沉降，直至出现明显的柱状分层；S4：对具有明显柱状分层的塑管进行冷冻处理；S5：将冷冻处理后的塑管中的各个“微球柱”在分层处进行切割分离；S6：分别将切割分离后的各“微球柱”融化，得到不同粒径的单分散微球。本方法价格低廉，操作方法简便，绿色高效环保，能够比较简便地获得不同粒径的单分散高分子微球。