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本发明提供一种鱼类应激状态判别的方法及系统，包括：采集特征生理应激指标参数；构建高维传感源数据集和局部特征域数据集；构建高维空间拓扑图和低维空间拓扑图；根据高维空间拓扑图和低维空间拓扑图，确定特征应激识别区；计算特征应激识别区内的当前应激状态累积量，以最终确定目标鱼的当前应激状态。本发明通过采集生理应激指标参数，以构建高维传感源数据集，并通过从中筛选出局部特征域数据集，以构建空间拓扑图，进而实现特征应激识别区的确定，故能够实现对鱼类无水保活过程中生理应激状态的在线采集、动态监测与保活运输过程个体舒适度的实时评估，进而为无水保活过程中鱼类生理应激与运输环境舒适度的智能优化控制提供数据支持。