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本发明公开了一种PCB电路的功能性故障识别方法及系统，包括以下步骤：步骤S1、基于电信号特征将所有元器件构建为元器件运行分析矩阵；步骤S2、将元器件运行分析矩阵进行矩阵转换得到表征元器件电网络功能性关联属性的邻接矩阵，并基于邻接矩阵对元器件网络进行社团分析得到多组元器件簇；步骤S3、在中心元器件处设置电信号采集点以实时检测中心元器件的电信号特征，再基于中心元器件的电信号特征定位出产生功能性故障的元器件簇。本发明实现将存在功能性关联的离散元器件划分至同一簇内进行功能性故障的统一识别分析，低密度功能性故障监测实现功能性故障区域的隐藏挖掘，避免占用大量的监测硬件，降低数据处理量。