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本发明公开了一种脯氨酸亚细胞分离方法，取水稻幼苗样品在磺基水杨酸中冰浴研磨成匀浆；研磨液在3000r/min离心5min；下层沉淀物a备用；上清液a在10000r/min离心30min，得到上清液b，沉淀物b；用Tris‑HCl溶液溶解混合；均浆取600g在4℃离心，沉淀物c为细胞壁部分；上清液c为细胞器部分；将上清液c和沉淀物c分别10000r/min离心30min，分别保留沉淀物d、沉淀物e；分别加入3％的磺基水杨酸溶解，继续10000r/min离心，再分别保留下部的沉淀物f、沉淀物g；分别加入3％的磺基水杨酸溶解，超声处理30min，沸水浴30min，4℃3000r/min离心10min，得到的上清液d、上清液e分别为细胞器和细胞壁组分。可以方便直接的测定亚细胞结构中脯氨酸含量。