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本公开提供了一种猪精子畸形率相关的分子遗传标记，所述分子遗传标记位点为H3GA0014627，所述H3GA0014627标记位点为公猪4号染色体第123567821bp位置，所述第123567821bp位置为一个C>T突变位点，猪参考基因组为Sscrofa11.1。所述猪精子畸形率相关的分子遗传标记不同基因型的公猪。精子畸形率有显著差异，且T等位基因显著降低精子畸形率，可通过检测H3GA0014627分子遗传标记位点基因型辅助公猪的选育，选留精子畸形率低的纯合公猪，降低精子畸形率，从而有效的提高公猪利用效率。

本公开提供一种公猪有效精子数相关的分子遗传标记，通过公猪有效精子数与全基因组分子遗传标记的关联分析，成功筛选影响公猪每次采精有效精子数的大效应分子遗传标记。鉴定了一个影响公猪精子有效精子数的分子标记ALGA0123896，该标记不同基因型公猪单次采精有效精子数有极显著差异，筛选出影响公猪精子有效精子数的分子遗传标记，ALGA0123896属于NC_010444基因内含子序列，该位置为一个T>C突变。通过检测该分子标记，可以应用于种公猪精液产量的选育，选留每次采精有效精子数含量高的纯合公猪，通过持续选育，可有效提高公猪有效精子数量，加快优质公猪精液产量的选育进度。

本公开提供与剩余采食量相关的TPP2基因的SNP分子遗传标记，通过鉴定影响公猪剩余采食量的分子标记MARC0030864，该标记不同基因型公猪的剩余采食量存在差异，并进行通过公猪剩余采食量与全基因组分子遗传标记的关联分析，成功筛选影响猪剩余采食量的大效应分子遗传标记，应用于种猪的选育，选留低剩余采食量的纯合猪，可有效降低生产过程中饲料消耗量，提高企业经济效益和竞争力；有利于显著降低剩余采食量的等位基因；通过检测MARC0030864标记基因型辅助种猪选育，可通过选留TT纯合种猪进入核心群，降低剩余采食量，有效减少饲料消耗量和养殖成本。

本公开提供猪剩余采食量性状的分子遗传标记及应用，通过鉴定一个影响公猪剩余采食量的分子标记ALGA0093815，该标记不同基因型公猪的剩余采食量有极显著差异，并通过公猪剩余采食量与全基因组分子遗传标记的关联分析，成功筛选影响猪剩余采食量的大效应分子遗传标记，并通过杜长大商品猪群体验证所筛选的遗传标记，可有效降低生产过程中饲料消耗量，选留低剩余采食量的纯合猪，可有效降低生产过程中饲料消耗量，降低养猪生产成本，提高企业经济效益和竞争力，加快高饲料利用效率品系的选育进度，通过选留TT纯合种猪进入核心群，降低剩余采食量，有效减少饲料消耗量和养殖成本。