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本公开是关于一种埋土高度预警系统及方法，涉及航海技术领域。所述预警系统包括：深度检测装置，包括分布在风电塔基础结构的多个方向的多个双自由度机械扫描测深仪，将检测到的各个像素点的埋土高度上传至数据分析处理装置；数据分析处理装置根据各个像素点的埋土高度确定风电塔底部图像的不同像素点的高度图，根据高度图判断埋土高度是否超过门限值，并在埋土高度超过门限值时向控制基站发出警报；海生物清除装置位于双自由度机械扫描测深仪的预设范围内，用于防止海生物附着在双自由度机械扫描测深仪的表面。本公开可实时测量风电塔基础结构的埋土高度，以便全面有效的实现对风电塔基础结构的埋土高度的监测预警。