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本发为一种基于温控MICP的岛礁加固系统及方法。包括黄原胶液罐，恒低温储罐，设置在恒低温储罐中的菌液罐和反应液罐，恒温储罐，设置在恒温储罐中的混合液罐，用于保持恒温储罐恒温的太阳能储热器，蠕动泵，注水管，排水管，设置在注水管和排水管之间的排液通道，集水罐和真空泵，恒低温储罐利用地下水抽采装置保持低温；各个元件之间通过阀门和管路连接，实现在将所需温度的混合液罐注入岛礁待加固区完成MICP诱导一次加固，注入黄原胶液完成二次加固，抽干岛礁待加固区的液体，实现岛礁的三次加固。本发明通过将“温控MICP方法”工艺引入大型岛礁加固的防护工程中，同时配合黄原胶固结以及干燥固结的方法实现岛礁的多次循环加固。