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一种基于差分进化的蛋白质ATP对接方法，首先，使用ATPbind服务器预测出蛋白质‑ATP绑定残基信息，提升了复合物分子空间结构的预测精度；然后，通过种群个体的设计将原先的蛋白质‑ATP结构预测问题转换成搜索最优个体的优化问题，降低了计算代价；最后，通过使用差分进化算法搜索最优个体，提升了蛋白质‑ATP复合物结构的预测精度。本发明提供一种计算代价低、搜索效率高的基于差分进化的蛋白质ATP对接方法。

一种基于距离和角度信息的蛋白质ATP对接方法，首先，使用ATPbind服务器预测蛋白质‑ATP绑定残基信息辅助预测复合物的结构；生成多种绑定组合方式，增加了构象的多样性；然后，通过种群个体的设计将原先的蛋白质‑ATP结构预测问题转换成搜索最优个体的优化问题，降低了计算代价；最后，设计一种精确的能量函数对生成的构象进行打分，提升了复合物结构的预测精度。本发明提供一种计算代价低、搜索效率高的基于距离和角度信息的蛋白质ATP对接方法。

一种基于配体生长策略的蛋白质ATP对接方法，首先，使用ATPbind服务器预测出蛋白质ATP绑定残基信息，辅助蛋白质与小分子对接；然后，通过将配体分解为多个片段依次进行对接，并使用能量函数优化片段的空间位置，提升了蛋白质‑ATP复合物结构的预测精度；最后，通过使用模拟退火算法快速搜索每一个配体片段的最优空间构象，提高了计算效率。本发明提供一种计算速度快、预测精确性高的基于配体生长策略的蛋白质‑ATP对接方法。

本发明提供了一种分子对接方法及系统，其中，在该分子对接方法中包括：CPU处理端读入作为受体的静态分子结构及作为配体的动态分子结构，分别进行预处理得到网格数据后传送至GPU运算端；GPU运算端接收到受体和配体的网格数据，分别进行傅里叶变换得到频域数据后进行点积操作得到复合物频域数据；GPU运算端根据得到的复合物频域数据计算得到匹配因子并将其传送至CPU处理端；CPU处理端根据接收到的匹配因子得到预设数量的最佳对接位置，实现受体和配体的对接操作。其充分利用了GPU运算端的高浮点运算能力，大大减少了分子对接过程中的运行成本，加速分子对接的运行速度，提高资源的利用效率。