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本发明公开了一种PCIE链路故障的处理方法及装置。该方法包括：PCIE节点设备检测到与第一下游PCIE节点设备之间的链路发生故障后，停止PCIE节点设备与每个下游PCIE节点设备之间的数据传输，并将第一下游PCIE节点设备中的第一PCIE控制器置复位，以及将PCIE节点设备中与第一PCIE控制器对应的第二PCIE控制器置复位，再恢复PCIE节点设备与每个下游PCIE节点设备之间的数据传输。相比于现有技术对整个PCIE系统进行复位的方式而言，本发明实施例只需要复位故障链路两侧节点设备中的PCIE控制器，大大缩短了PCIE链路故障的处理时间，减小对PCIE系统运行的影响。