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本发明公开了一种用于降低假阳率的布谷鸟过滤器设计方法及系统，涉及布谷鸟过滤器技术领域。设计方法包括以下步骤：构建由多个桶组成的布谷鸟过滤器，每个桶中由多个槽构成，槽中存放元素的指纹；将布谷鸟过滤器均匀地分为上下两部分，上半部分过滤器称为F1，下半部分过滤器称为F2；设置p1和p2两个候选桶；通过对每部分过滤器中桶的个数取模和异或的方法使得任何元素对应的候选桶p1都落在F1中，对应的候选桶p2都落在F2中；将待查找元素利用布谷鸟过滤器进行查找，查找到候选桶p1或p2中有指纹与待查找元素的指纹相同即为查找成功。本发明不需要增加元数据和指纹长度就可实现候选桶的比较，且具有很强的兼容性，实现了假阳率的大幅降低。