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本发明公开了一种用于极弱射频干扰的标记方法、系统和存储介质，方法包括：计算观测数据中可见度数据的幅值，根据幅值得到幅值矩阵；对幅值矩阵进行信噪比卷积运算，得到卷积矩阵；根据幅值矩阵和卷积矩阵计算得到差值矩阵；当差值矩阵内的数值小于预设值，标记小于预设值的数值。本发明通过计算可见度数据的幅值后得到幅值矩阵，接着对幅值矩阵进行信噪比卷积运算后得到卷积矩阵，并根据幅值矩阵和卷积矩阵计算得到差值矩阵，然后在确定差值矩阵内的数值小于预设值后，标记小于预设值的数值，既可标记出数据中的极弱射频干扰，从而使得后续区分过程能够有效地区分出极弱射频干扰和同样非常弱的信号。本发明可广泛应用于射频天文技术领域。