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本发明公开了利用微生物发酵制备香云纱染整用河泥的方法，将成熟皂角果果皮烘干打粉，和去离子水混合形成悬浊液，将根霉菌、糯米粉和去离子水混合发酵，再与悬浊液混合并加入酵母菌，用真空抽滤机将发酵液中的沉淀物和液体分离，保留所得沉淀物，在沉淀物中加入蚕蛹粉、蚕茧粉、大米粉、白糖搅拌，再加入枯草芽孢杆菌、羰基铁粉和羟基磷灰石继续搅拌，并放置在水浴锅内发酵，最终与香云纱染整用不达标河泥混合，并进行染整。本发明以皂角粉、蚕蛹粉、蚕丝粉、羰基铁粉和羟基磷灰石为基础通过枯草芽孢杆菌和酵母菌进行深度发酵分解，可以实现对香云纱染整用河泥的修复，解决了香云纱染整用河泥日趋减少，天然染整用泥不能满足香云纱生产的问题。